医師の節税対策は、勤務形態や経営形態によって方法が異なります。また、iDeCoや企業型確定拠出年金制度の導入など、節税と資産形成を両立できる選択肢も存在します。

本記事では、勤務医、個人事業主の開業医、医療法人の開業医など、それぞれの立場に応じた具体的な節税対策を解説します。所得控除の活用から医療法人化のメリット、さらには企業型確定拠出年金制度の導入まで、実践的な方法を分かりやすく紹介しています。

この記事を読むことで、自身の状況に最適な節税戦略を見つけられ、適切な税務管理のもと、安定的な医院経営の実現が可能になります。将来の資産形成とスタッフの福利厚生の充実を目指すためにも、ぜひ参考にしてみてください。

医師が節税対策を行うべき理由

医師の収入は一般的に高額となるため、節税対策の有無で納める税金に大きな差が生まれます。そのため、効率的な節税対策をすることで、毎年の納税額を抑えられるだけでなく、将来に向けた効率的な資産づくりが実現できます。

高所得者としての税負担を減らせる

医師という職業は、その専門性や責任の重さから高収入を得られる一方で、税金の負担が非常に大きいという現実があります。

日本の税制では累進課税方式が採用されています。年収が上がれば上がるほど税負担の比率が高まる仕組みとなるため、医師には節税対策が必要不可欠です。

この税負担の大きさを具体的な数字で見てみましょう。例えば、課税所得が2,000万円の場合、まず所得税については、課税所得に対して40%の税率が適用され、控除額2,796,000円を差し引くと、約520万円の所得税が発生します。

これに加え、前年も所得額が同じ場合は住民税として課税所得の10%（約200万円）が課されます。よって、所得税と住民税を合わせた税負担額は約720万円に達します。

このように、医師の収入に対する実質的な税負担は非常に大きくなります。こうした高額な税負担を抑えるためにも、計画的な節税対策の実施が重要になります。

節税を通じた資産形成ができる

税負担の削減により生み出された資金は、医療機器への投資やクリニックの施設拡充など、事業の成長に向けた投資に活用できます。また、確定拠出年金制度などを活用すれば、老後の資産形成と現役時代の節税を同時に実現することもできます。

さらに、将来的にお子様が医学部進学を目指したり、開業している診療所の継承を希望したりする可能性も考えられます。医学部の学費は一般的な大学と比べて極めて高額になるため、子どもの夢を支援するためにも、早期から教育資金の準備を始める必要があります。

節税対策は、単に税金の負担を軽減する手段にとどまらず、将来的な経済基盤の安定を築くための重要な経営戦略といえます。短期的なキャッシュフローの改善にとどまらず、長期的な視野での資産形成や事業の継続可能性を高めることにつながるのです。

【医師の節税対策】勤務医の場合

勤務医の場合は給与所得者として、さまざまな所得控除を活用できます。特に高所得者である医師は、各種控除を組み合わせることで、効果的な税負担の軽減が可能です。

複数の控除を最大限に活用することで、適切な節税対策を実現しましょう。

控除を最大限活用する

個人開業や勤務医の医師は、確定申告や年末調整において所得控除を利用することができます。控除という言葉の本質的な意味は「金額を引き下げる」ことであり、税務上で重要な役割を担っています。

課税所得を計算する段階で適用される控除には、大きく分けて所得控除と税額控除の2種類が存在します。

所得控除は、総所得金額から特定の金額を差し引くことができる制度です。一方、税額控除は算出された所得税額から直接一定金額を差し引く制度になります。

所得控除と税額控除を適切に組み合わせることで、納税額を効果的に抑制することが可能です。

基礎控除・給与所得控除

基礎控除は納税者全員が利用できる基本的な控除制度です。一律48万円の基礎控除が適用されますが、年間所得が2,400万円を超えると控除額が段階的に低下します。

給与所得控除は会社員などの給与所得者に適用される制度で、給料から一定額を経費として差し引くことができます。控除額は、給与収入に応じて異なります。

配偶者控除・配偶者特別控除

配偶者控除は、納税者に扶養する配偶者がいる場合に適用されます。この制度では最大で48万円の所得控除が可能となりますが、世帯の収入状況によって控除額が変動します。

配偶者特別控除は、納税者本人の年間所得が1,000万円を超えない場合に利用できる制度です。配偶者の収入が一定の基準を満たすことで、最大38万円までの所得控除を受けられます。

扶養控除

納税者が扶養家族を持つ場合に適用されます。この制度を利用することで、最大で63万円の所得控除を受けられます。

扶養控除の金額は、扶養親族の年齢や状況によって異なります。

社会保険料控除

納税者本人や生計をともにする家族の社会保険料の支払いに対して適用される制度です。支払った保険料の全額が控除対象となり、上限額が設定されていない点が大きな特徴です。

生命保険料控除

生命保険料や介護保険料、個人年金保険料の支払いに対して適用されます。控除額は各保険の種類によって定められた計算方法で算出されます。

地震保険料控除

地震保険や旧長期損害保険料の支払いに対して適用できる控除です。年間支払額の全額が控除対象となり、最大5万円までの所得控除を受けられます。

医療費控除

自身や生計をともにする家族の医療費支払いに対して適用されます。年間の医療費から保険金などで補填された金額を差し引いた実質負担額のうち、10万円を超えた部分が控除の対象となります。

寄附金控除

国や地方自治体、公益法人などへの寄附に対して適用されます。寄附金から2千円を超える部分が控除の対象となり、所得控除と税額控除のいずれかを選択できる場合もあります。

小規模企業共済等掛金控除

各種年金制度や共済制度への掛金支払いを対象にした控除です。支払った掛金の全額が所得控除の対象となるため、老後の資産形成と節税を同時に実現できます。

住宅ローン控除（住宅ローン減税）

住宅ローン控除は、住宅借入金等特別控除の正式名称で知られる税制優遇制度です。住宅ローンを使って自宅を取得した場合、毎年のローン残高の0.7%を13年間にわたって所得税から差し引くことができます。

特定支出控除を適用する

特定支出控除は、給与所得者が活用できる控除制度です。特定の支出が一定基準を超えた場合、年間支出額の2分の1までを所得控除として申告できます。

対象となる支出には以下の7つの項目があります。

1. 通常の通勤費：一般の通勤者として必要とされる通勤のための支出
2. 職務上の旅費：勤務場所を離れて職務を遂行するために直接必要な旅行への支出
3. 転居費：転勤にともなう引越しのために通常必要とされる支出
4. 研修費：職務に直接必要な技術や知識を得るための研修に関する支出
5. 資格取得費：職務に直接必要な資格取得のための支出
6. 帰宅旅費：単身赴任などで勤務地または居所と自宅の間の移動に必要な支出
7. 勤務必要経費：以下のa～cの支出（合計額65万円まで）
   1. 職務関連の書籍・定期刊行物などの図書費
   2. 制服、事務服など職務上必要な衣服費
   3. 得意先、仕入先など職務上関係のある者への交際費等

特に医師の場合は研修費や資格取得費が高額になることが多いため、これらの支出を適切に記録し申告することで、効果的な節税が実現できます。

不動産投資を行う

不動産投資でアパートやマンションなどの物件を取得すると、建物の取得費用を減価償却費として経費計上できます。

建物の構造によって定められた耐用年数があり、木造建築や鉄骨造など、それぞれの基準に従って減価償却費の分割計上が可能です。不動産経営で生じた赤字は、給与所得との損益通算が認められています。

不動産投資は、定期的な家賃収入と節税対策を同時に実現できる投資手法です。ただし、投資物件の選定には慎重な判断が必要です。物件価値の下落や想定どおりの収入が得られない場合、期待した節税効果が得られないリスクがあります。

プライベートカンパニーを設立する

勤務医が個人で会社を設立する利点は、給与所得以外の収益を法人税率で課税対象にできる仕組みを構築できる点にあります。

個人の所得税率は累進課税のため、高収入になるほど所得税率も高くなりますが、法人税率はこれに比べて一定水準に設定されています。この差を活用することで、医師としての副業収入や投資収益の税負担を抑えることが可能です。

さらに、プライベートカンパニーは相続対策としても役立ちます。例えば、家族を役員に登用し、適切に報酬を設定することで、相続財産を計画的に移転することができます。

ただし、法人化には会社設立コストや煩雑な決算手続きなど、考慮すべき課題もあります。法人化の判断は、これらのメリット・デメリットを総合的に検討する必要があります。

【医師の節税対策】個人事業主の開業医の場合

個人事業主として医院を経営している場合は、事業所得者特有の節税対策をする必要があります。経費の適切な計上や青色申告の導入により、税負担を軽減できる可能性があります。

青色申告特別控除を利用する

青色申告は、正規の簿記の原則に従って記帳をすることで、特別な控除が認められる制度です。確定申告の際に青色申告を利用することで最大65万円の所得控除を受けられます。e-Taxを利用した電子申告を行い、電子帳簿保存を実施することで、より大きな控除額を利用できます。

さらに、家族従業員への給与支払いも必要経費として認められます。ただし、給与を受け取る家族は15歳以上で、年間の半分以上を事業に従事していることが条件となります。この制度を活用することで、家族で協力して医院を運営する際の税負担を軽減できます。

青色申告は、正確な帳簿記載と適切な記録管理が求められますが、医療事業の経営を透明性高く管理しながら、効果的な節税を実現できる制度といえます。

経費計上で税負担を軽減する

医院運営に関わる支出を適切に経費として計上することで、課税所得を抑制できます。計上可能な項目の具体例は、以下のとおりです。

• 診療所の設備関連の支出

土地や建物の取得費用、内装工事費、各種医療機器、診療用パソコン、社用車の購入費など

• 人材関連の支出

スタッフの給与や賞与、社会保険料などの法定福利費、従業員の福利厚生費用、社員研修費、健康診断費用など

• その他の支出

学会参加の交通費、宿泊費、ガソリン代、専門職として必要なスーツ代、医師同士の業務関連会食費用、取引先への贈答費用、会議での飲料代、コピー代、会議室使用料など

なお、経費の計上は、医院の実態に即した適切な範囲内で行う必要があります。

小規模企業共済を始める

小規模企業共済は、医師の退職後の生活保障と節税を同時に実現できる制度です。個人で医院を経営する医師や医療法人の役員が加入でき、将来の経済的な安定を確保できます。

この制度は、個人事業主が将来受け取ることができる退職金を積み立てることを目的としています。月額7万円を上限とする掛金を設定でき、その全額が所得控除の対象となります。

また、共済金は退職時や廃業時に一括または分割で受け取ることができます。一括で受け取る場合は退職所得として、分割受取りの場合は公的年金等の雑所得として扱われ、それぞれに税制上のメリットがあります。

個人型確定拠出年金（iDeCo）を利用する

個人型確定拠出年金（iDeCo）を活用することで、全額所得控除となる掛金で資産形成をすることができます。

個人事業主の場合、月額68,000円までの掛金を拠出することが可能です。なお、iDeCoには勤務医の場合も加入でき、それぞれの年金制度に応じて上限額は異なります。

この掛金は全額が所得控除の対象となり、運用益も非課税となります。また、60歳以降の受け取り時には、公的年金等控除や退職所得控除を利用できるため、3つの税制メリットがあります。

さらに、iDeCoはキャリアの変更に柔軟に対応することができます。例えば、勤務医から開業医に転身した場合でも、引き続きiDeCoを継続することが可能です。また、企業型確定拠出年金を導入している医療機関に転職する場合は、それまでのiDeCoの資産を移管することもできます。

このように、iDeCoは長期的な資産形成と節税効果に加えて、医師のキャリアの変化にも柔軟に対応できる制度です。

法人化で税負担を抑える

個人医院から医療法人への移行により、所得税から法人税へと課税方式を変更することができます。

個人で医院を経営する場合、事業収入から経費を差し引いた所得に対して、最大で45%という高率の所得税が課されます。これに対して医療法人の場合、年間所得が800万円を超えても税率は最高で23.2%に抑えられます。この税率の差が、医療法人化による大きな節税メリットとなります。

また、医療法人からの収入は役員報酬として受け取ることができ、これには給与所得控除が適用されます。加えて家族経営の場合、家族を役員として登用し、適切な報酬を設定することで、世帯全体の税負担を効果的に分散できます。

このように医療法人化は、単なる経営形態の変更以上に、総合的な節税効果をもたらす重要な選択肢となります。ただし、法人化にはさまざまな手続きや維持コストも必要となるため、慎重な検討が推奨されます。

【医師の節税対策】医療法人の開業医の場合

医療法人化した開業医の場合は、法人経営ならではの節税対策が必要です。役員報酬の適切な設定から、関連法人の活用まで、多角的な視点からの節税対策を実施することで、効果的な税負担の軽減が可能となります。

役員報酬を経費計上する

医療法人の役員報酬は、特定の要件を満たすことで、法人の経費として計上できます。認められるのは、主に以下の3つの場合です。

1. 定期同額給与：株主総会で決定された金額を毎月同額で支給する場合
2. 事前確定届出給与：支給時期と金額を事前に税務署へ届け出て支給する場合
3. 業績連動給与：医療法人の業績指標に応じて支給額を決定する場合（ただし、同族会社では適用が制限）

例えば、定期同額給与として月額100万円の役員報酬を設定する場合、年間1,200万円を法人の経費として計上できます。ただし、報酬額は医療法人の収益力や同規模の医療機関の役員報酬相場を考慮して、合理的な金額に設定する必要があります。

出張旅費日当を活用する

医療法人の経営者が学会参加などで遠方へ出張する際は、出張時の日当支給制度の活用により節税することができます。

従業員への出張日当は、出張先での飲食費等の実費弁償として扱われるため、通常の給与とは異なり所得税が課税されません。この制度を医療法人の役員にも適用することで、所得税負担の軽減が期待できます。

さらに、出張の日当部分について消費税の仕入税額控除が適用可能となり、所得税だけでなく消費税の面でも節税効果を得ることができます。

ただしこの制度を適切に運用するためには、「出張旅費規程」などの社内規程の整備が不可欠です。規程には日当の金額基準や、支給条件、計算方法などを明確に定める必要があります。

MS法人を設立する

MS法人（メディカル・サービス法人）は、医療機器のリースや不動産賃貸、人材派遣など、医療関連サービスを提供する法人です。医療法人の関連会社としてMS法人を設立することで、収益の分散化につながります。

医師の配偶者や子どもをMS法人の代表者や役員として登用することで、所得を家族間で適切に分散できます。所得税は累進課税制度のため、一個人への所得集中を避けることで、全体的な税負担を軽減が可能です。

医療事業の拡大を目指す医師にとって、MS法人は経営戦略のツールです。また、診療活動に専念しながら、効率的な事業運営と税務戦略を実現できる選択肢ともいえます。

企業型確定拠出年金（企業型DC）を導入する

企業型確定拠出年金（企業型DC）は、従業員の老後の資産形成を支援する制度です。医院を法人化している場合は、企業型DCを導入することで、掛金全額を損金算入できます。

また、従業員への掛金は給与としての扱いを受けません。そのため、所得税や住民税、社会保険料の課税対象とならず、効率的な資金運用が可能です。さらに、企業型確定拠出年金は経営者一人からでも加入可能であり、法人の経費として経営者自身の退職金を準備できます。

昨今の雇用市場において、充実した福利厚生制度は人材獲得の要となっています。企業型確定拠出年金は従業員の資産形成を支援する制度として高い評価を受けており、採用競争力の強化につながります。

医療法人の企業型確定拠出年金の導入事例

企業型確定拠出年金導入の具体的な効果を、実際の導入事例から紹介します。

1940年創業の医療法人YSS平野歯科医院様では、人材採用・定着強化と効果的な退職金制度の確立を目指して導入を決断されました。

導入前の主な課題は、歯科医院特有の退職金制度の不明確さでした。平野達也理事長は、「歯科医院の退職金制度は『制度があるようで実はない』ところが多い」と感じていました。

しかし、確定拠出年金制度の導入により、医院運営は以下のように大きく改善されました。

導入後、従業員からは「投資は人生を豊かにするための手段であり、長期投資によって着実に資産を形成できる」という前向きな声が寄せられています。

また、導入にあたっての不安も、専門家の充実したサポート体制により解消されました。導入手続きを一任できただけでなく、スタッフ向けの勉強会の実施により、投資の基礎知識から実務的な操作方法まで具体的な説明を受けることができ、安心して導入を実現できたとのことです。

医療法人 YSS　平野歯科医院様の導入事例の詳細はこちら

医師による節税対策の注意点

節税対策にはさまざまなメリットがありますが、同時に考慮すべきリスクやデメリットも存在します。

例えば、上で紹介した特定支出控除は、高額な給与所得控除を上回る支出がなければ適用できません。また、法人化には設立費用や運営コストが発生し、不動産投資には資産価値の変動リスクがともないます。

さらに、過度な経費計上は税務調査の対象となる可能性もあります。節税対策は、あくまでも経営の安定性を損なわない範囲で検討するようにしましょう。

なお、より安全で効果的な節税を希望する場合は、確定拠出年金制度の活用がおすすめです。

個人事業主の場合はiDeCoを、医療法人の場合は企業型確定拠出年金を利用することで、確実な節税効果と安定的な資産形成を両立できます。掛金は全額が所得控除または損金算入の対象となり、運用益も非課税となるため、長期的な視点での資産形成に適しています。

【FAQ】医師の節税対策でよくある質問

医師の節税対策について、よくある質問とその回答をここでは解説します。

特定支出控除が使えないのはどのような場合ですか？

特定支出の合計額が給与所得控除額の2分の1に満たない場合は、控除を受けることができません。また、対象となる支出項目は決まっており、そのうち勤務必要経費の合計額は年間65万円が上限で、超過分は控除対象外となります。

さらに、特定支出控除の利用には確定申告が必要となります。特定支出に関する証明書や

支出を証明する領収書を揃え、確定申告をしなければなりません。特に医師は研修費用や専門書購入費用などが控除対象となることが多いため、計画的な記録管理が不可欠です。

フリーランスの医師はどのように節税すればいいですか？

非常勤勤務などの雇用形態で、複数の医療機関で勤務するフリーランスの医師の場合は、個人事業主に分類されます。よって、青色申告の選択や効果的な経費の計上など、個人で開業している医師と同様の節税対策が可能です。

医師の節税には確定拠出年金がおすすめ

医師の節税対策は、勤務医、個人事業主、医療法人それぞれの立場によって活用できる方法が異なります。勤務医は各種所得控除や特定支出控除の活用、個人事業主の開業医は青色申告や経費計上の工夫、医療法人は役員報酬の設定やMS法人の活用など、さまざまな選択肢があります。

このように節税方法は数多く存在しますが、その中でも節税をしながら資産形成も図りたい場合におすすめなのが確定拠出年金です。

勤務医や個人開業の医師はiDeCoを、医療法人は企業型確定拠出年金を導入することで、節税効果と資産形成を両立できます。企業型確定拠出年金では、医療法人が拠出する掛金は全額が損金算入でき、従業員の所得税や社会保険料の対象にもなりません。